原神稻妻地下室谜题的核心难点集中在机关组合复杂、线索隐蔽、空间限制多、容错率低与联动性强这几个方面，需要玩家精准解读线索、把控操作顺序并适应多层空间的机关变化，稍有失误就可能导致谜题重置。
稻妻地下室谜题普遍存在线索过于隐蔽的问题，不少关键提示藏在场景角落的笔记、墙壁刻痕或NPC对话的细节里，像越石村地下室的石板机关，线索就藏在NPC给予的藏宝图角落，字符模糊且容易被忽略，若没留意这些细节，很难理清地板踩踏的正确顺序。清籁丸船舱地下室的翻牌机关，没有直接的配对提示，玩家只能盲目尝试，八块地板两两配对，组合数量繁多，反复试错会耗费大量时间。蛇神之首地下室的按钮机关，四个按键存在二十多种排列组合，没有明确线索指引，只能逐一尝试，很容易因顺序错误反复重启。
机关操作的严苛限制也是一大难点，多数地下室机关存在严格的顺序要求，踩错、按错或打乱节奏就会触发红光重置，必须回到初始状态重新开始。越石村地下的4×3格子地板机关，需要用一笔画的方式走完所有格子，还分Z字形与倒S形两种路线，路线不能重复、不能中断，对空间规划和操作精准度要求极高。荒海地下室的立方机关，每个方块的旋转会相互联动，调整一个方块会影响周边多个机关，必须精准控制攻击次数与顺序，才能让所有方块图案对齐，一旦打乱就需重新调整。
地下室的空间环境进一步提升了解谜难度，地下空间昏暗狭窄，视野受限，很多机关位置隐蔽，容易被墙壁、杂物遮挡。部分地下室存在多层结构，水位升降、通道开合会不断改变场景布局，像荒海地下室需两次降低水位才能解锁全部区域，过程中要反复穿梭不同水位层，容易迷失路线。还有些谜题需要配合雷种子、留念镜等特殊道具才能触发，没提前准备或忘记使用，就无法激活机关推进解谜，比如用留念镜照射地狐雕像才能开启水位控制机关。
谜题的联动性与多层递进设计，让整体难度持续叠加，不少地下室不是单一机关，而是多类型谜题串联，完成一个机关后会解锁新的更复杂谜题。越石村地下室要先解屋外字符地板，再解地下一笔画地板，接着还有新的机关顺序变化。清籁丸船舱从甲板转盘到船舱翻牌，再到负一层转盘，层层递进，每个环节都不能出错。加上地下空间常有怪物干扰，解谜时还要应对突发战斗，容易打乱思路导致操作失误，让解谜过程更具挑战。
