元气骑士中的隐藏关卡通常需要通过特定条件触发，且入口设计较为隐蔽。目前已知的隐藏关卡包括溶洞、沼泽和墓穴，每个关卡对应不同的常规关卡地图，并拥有独特的进入机制。这些隐藏关卡不仅提供额外的挑战机会，还能解锁特殊成就或奖励，但需注意部分隐藏成就需完全通关后才会结算。
溶洞关卡对应冰雪地图，进入方式较为特殊。在冰雪关BOSS房间内，有概率出现一条被堵住的路，击败BOSS后天上会掉落牢笼，解救其中的矿工并对话即可让其开路。跟随矿工到达矿洞前即可进入隐藏关卡。需注意溶洞地面存在冰面，会降低移动操控性，且爆炸冲击波可能触发冰刺造成伤害。
沼泽关卡与森林地图关联，需在普通房间找到奉献池并投入武器献祭。投入武器品质越高，获得的献祭值越多，累计达到5点后，BOSS会被强制替换为变异的哥布林祭师。击败变异BOSS后会出现紫色传送门，进入即可挑战沼泽关卡。该关卡存在减速沼泽地形，且宝箱会自动开启并提供更多资源。
墓穴关卡位于遗迹地图，在击败1-5关BOSS后有概率发现额外通道。通道尽头的石碑会触发符文谜题，需要通过连连看方式连接相同符号并填满所有格子。解谜成功会开启传送门，失败则可在倒计时结束后使用高伤害武器暴力破解，但会获得特殊成就。墓穴关卡布满深坑陷阱，掉落会扣血，BOSS战需注意其护盾恢复机制。
挑战隐藏关卡时需注意几个共同特点：首先必须进入对应常规地图才有触发可能；其次部分关卡如溶洞和墓穴存在概率性入口；最后无伤击败隐藏BOSS可获得增益效果，但死亡复活后会获得减益。隐藏关卡通常位于1层之后，相当于2层关卡难度，建议做好充分准备再尝试进入。
