卧虎藏龙的主线剧情围绕玩家扮演的江湖人展开，通过一系列任务逐步揭示武侠世界的恩怨情仇。主线任务作为新手玩家的主要学习途径，难度从易到难递进，帮助玩家熟悉游戏玩法并深入理解世界观。剧情融合了武侠经典元素，如绝世武功、神秘藏宝图、江湖恩怨等，同时加入策略性设计，要求玩家综合运用智谋、武力与运气推进任务。完成主线任务不仅能解锁后续内容，还能获得大量经验和奖励，为角色成长奠定基础。
游戏主线剧情设定在清朝光绪年间，玩家从边疆总兵玉瑞的抗洋斗争切入，逐渐卷入江湖纷争。玉瑞之女玉娇龙身怀绝技却不满家族联姻，与爱人罗小虎共同加入拳民组织，由此引发一系列冲突。主线任务中，玩家需协助角色对抗摩尼教、黑龙会等势力，闯过光明顶密道、狮子峡等险地，最终抵达西域圣地天王寺寻求救治同伴。剧情通过多线交织的方式展现江湖的复杂性与人物命运的纠葛，玩家选择会影响声望值及剧情走向。
主线任务包含多种类型，如击败特定敌人、护送关键人物、破解机关谜题等。其中轻功系统是核心玩法之一，玩家需完成四段轻功任务（如踏雪无痕、追云逐月）来解锁更高自由度。在后期剧情中，玩家将参与营救唐沐雨、对抗萨迦法王等重大事件，任务设计强调团队协作，如药王治疗、巨剑抗伤、唐门偷袭等职业配合。剧情高潮部分涉及武林秘籍九华剑拳全书的争夺，玩家需在善恶抉择中影响最终结局。
主线剧情的深层主题是对封建礼教束缚的反思，通过玉娇龙反抗婚约、罗小虎弃官出走等情节体现人性解放。游戏采用电影化叙事手法，重要过场动画如李慕白救玉娇龙、武当山决战等场景具有强烈戏剧张力。玩家在推进主线时会接触宗门任务、帮派任务等衍生内容，这些支线虽不影响主线进程，但能补充世界观细节并获取稀有装备。部分主线副本如秦皇帝陵、万兽山庄需达到特定等级才能挑战。
游戏通过动态任务系统增强沉浸感，例如奇遇任务会随机触发全新剧情线。主线最终章以红叶谷会晤收尾，玩家将见证角色命运的终极走向。整个剧情体验强调自由江湖理念，玩家既可遵循传统侠义之道，也能选择颠覆常规的解决方式。这种多线程叙事结构配合开放地图设计，使卧虎藏龙的主线剧情兼具史诗感与自由度，成为武侠题材游戏的典型代表。
