构建一个合理的阵容是通关的关键。二周目的挑战难度显著提升，敌方训练家的等级更高，阵容也更加多样化，因此单靠一两只强力宝可梦难以应对所有情况。一个优秀的通关阵容需要兼顾属性平衡、技能覆盖和战术灵活性，确保在面对不同类型的对手时都能占据优势。属性克制是战斗的核心，队伍中应包含多种属性的宝可梦，避免被单一属性克制。每只宝可梦的技能搭配也要合理，确保能够应对不同的战斗场景。
均衡型阵容是二周目通关的稳妥选择，这类阵容通常包含坦克型、输出型和辅助型宝可梦。坦克型宝可梦如大钢蛇或水箭龟，能够承受大量伤害并为队伍争取输出机会。输出型宝可梦分为物理输出和特殊输出，例如喷火龙和雷丘，前者擅长火系物理攻击，后者则以电系特殊攻击见长。辅助型宝可梦如胡地或霸王花，可以通过催眠粉或反射壁等技能控制战场节奏。这种阵容的优势在于稳定性高，适合不熟悉二周目内容的玩家。
如果追求高效通关，特攻型阵容是不错的选择。这类阵容以高速度和强力的特殊攻击为核心，能够在短时间内击败对手。海皇牙和电击兽是特攻型阵容的代表，前者具备水和龙属性的双重优势，后者则凭借电系技能快速压制对手。超梦作为超能力系宝可梦，拥有极高的特攻和速度，可以在关键时刻扭转战局。需特攻型阵容对技能命中率和先手权要求较高，因此需要合理搭配提升命中和速度的技能或道具。
二周目中还会遇到一些特殊战斗场景，例如火箭队仓库或七岛的神兽挑战，因此队伍中最好包含一两只针对性较强的宝可梦。面对火箭队的毒系或恶系宝可梦时，超能力系或地面系宝可梦可以发挥巨大作用。而在捕捉神兽时，具备催眠或麻痹技能的宝可梦如妙蛙花或雷丘能够大幅提升捕捉成功率。这些针对性调整虽然会占用队伍位置，但能显著降低特定战斗的难度。
二周目的战斗节奏较快，玩家需要根据对手的阵容随时调整出战顺序和战术。在面对四天王时，冰系天王科拿的乘龙和迷唇姐对火系和格斗系宝可梦有较强克制，因此需要提前准备电系或岩石系宝可梦应对。队伍中最好配备一只能够学习多种HM技能的宝可梦，以便在探索过程中解决地形障碍。通过合理的阵容构建和战术调整，二周目的通关过程会变得更加顺畅。
