选择合适的精灵对通关至关重要。火属性的喷火龙、水属性的水箭龟以及草属性的妙蛙花作为初始精灵，均具备稳定的种族值和技能池，能够应对大部分道馆战和剧情挑战。喷火龙的高特攻和速度使其成为速攻手，水箭龟的耐久与水系技能可压制火系和岩石系敌人，妙蛙花的双抗与寄生种子消耗战术则适合持久战。电系的雷丘或雷精灵能有效针对水系和飞行系敌人，而飞行系的比雕凭借高速与飞行系技能覆盖面广的特点，也是中期过渡的可靠选择。
传说宝可梦如急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟在二周目中表现突出。急冻鸟的冰系技能可克制龙系和飞行系，闪电鸟的电系打击面覆盖水系与飞行系，火焰鸟的火系特攻则能压制草系与虫系。需这些神兽通常需要特定条件触发战斗，例如闪电鸟位于无人发电厂，火焰鸟需在七岛山顶洞穴遭遇。超梦作为通关后的隐藏精灵，拥有极高的种族值和泛用性，但需击败四天王并解锁华蓝市洞穴才能捕获。
功能性精灵如喵喵（捡拾特性）和吉利蛋（幸运蛋携带者）在资源积累阶段作用显著。喵喵可随机拾取道具，包括珍贵的能力提升药剂；吉利蛋提供的经验加成能加速队伍成长。毒刺水母凭借毒系与水系的复合属性，可应对草系与妖精系敌人，其高特防也适合消耗战。暴鲤龙的龙舞强化战术在后期推队效率极高，但需注意其四倍弱电的短板。
队伍搭配需兼顾属性互补与技能覆盖。火+水+草的核心组合能形成基础联防，电系与飞行系补充对水系与格斗系的压制力。后期可加入超能系（如胡地）或格斗系（如怪力）应对特殊敌人。叶绿版本中部分精灵需通过特定方式获取，例如伊布需在彩虹市大楼顶层触发事件，凯西则需在11号道路与NPC交换。合理规划捕捉与培养顺序，能显著降低通关难度。
精灵的亲密度系统影响部分技能的威力与进化条件。通过携带安闲铃、频繁使用药品或步行积累亲密度，可提升报恩技能的伤害或触发特定进化（如吉利蛋进化幸福蛋）。战斗中更换精灵会分摊经验值，但携带学习装置可确保未出战精灵获得50%经验，搭配幸运蛋能进一步优化培养效率。
