少年三国志2的副本系统是游戏核心玩法之一，根据官方资料和玩家实测数据，目前游戏内副本主要分为主线副本、精英副本、活动副本和名将副本四大类，总章节数量超过100章。主线副本作为剧情推进的核心载体，目前已开放至第80章每章包含5-10个独立关卡，需按顺序解锁。精英副本与主线章节对应，但难度更高且需消耗体力，主要用于获取高级装备与武将碎片。活动副本则包括节日限时副本（如春节巡礼、清风化煞）和常驻玩法（如遗迹寻踪、八卦奇阵），总数约30种，部分副本需特定条件解锁。
名将副本是游戏特色玩法之一，需主线推进至第8章且主角等级达28级后开启，目前已推出超过20个名将专属副本。这类副本采用角色扮演形式，玩家可体验张辽、赵云等名将的经典战役，通关后能获得三国志残卷、将魂等稀有资源。游戏还包含时空外传系列副本（如南华仙书、凤鸣百里），这类副本通常需要解谜或按特定顺序挑战，目前已知有9个独立篇章。部分副本如逐鹿天下属于赛季制玩法，会随版本更新调整内容和奖励。
主线副本前20章适合新手快速升级，中期章节（21-50章）开始要求阵容搭配与装备强化，后期章节（51章后）需红将或金将阵容支撑。精英副本的挑战次数每日有限制，但掉落概率显著高于主线副本。活动副本通常有时间限制，例如清风化煞副本要求战力达到5亿以上，并需分阶段完成路线探索才能获取全部奖励。时空外传副本则强调策略性，如八卦奇阵需按日志提示顺序击败武将才能解锁宝箱。
2024年春节版本新增了铠甲勇士联动副本，2025年神武鹰扬版本则推出灵山问道等高阶策略副本。根据开发者公告，未来计划每季度新增1-2个副本玩法，同时优化旧副本的难度曲线。玩家可通过九游、酷乐米等攻略平台查询最新副本情报，或关注游戏内时空外传栏目的动态更新。对于追求全收集的玩家，建议优先完成主线与名将副本，再逐步攻克精英和活动副本，以平衡资源消耗与进度推进。
