极限训练是提升角色实力的重要途径，涵盖多种高难度挑战模式。极速特训、生存特训和强攻特训是三大核心玩法，分别由波风水门、四代目雷影艾和照美冥担任导师。极速特训考验玩家先攻属性，生存特训要求存活至指定回合，强攻特训则侧重输出能力。完成专项挑战可获得特训积分，用于兑换稀有奖励如天道碎片。玩家需根据自身战力调整阵容，例如将高先攻装备集中于一号位以降低敌方战力。
忍者集训是另一类系统性训练，分为基础、进阶和实战三种模式。基础训练侧重操作教学，如追打连招和控制时机；进阶训练需破解复杂战斗机制，例如利用特定忍者的奥义打断敌方技能；实战训练则模拟真实对战环境，要求玩家灵活应对随机敌阵。部分关卡需反复尝试才能掌握技巧，例如控制训练中需精准使用伊鲁卡的奥义打断对手，而目标训练需在第二回合用卡卡西奥义锁定鸣人。
极限挑战活动每日刷新，玩家需使用限定忍者、秘卷和通灵进行竞速通关。评分基于战斗时间和被击次数，推荐选择连击稳定的忍者如旗袍天天，搭配鲨鱼通灵和扦插秘卷以快速聚怪输出。面对BOSS时需注意机制，例如宇智波鼬会释放月读，需开局用奥义起手规避控制。活动不计算战力和忍具效果，确保公平性。
极境修行是后期开放的硬核玩法，如雷影高分打法需精确操作与阵容搭配。雷主队伍可搭配三船，利用雷遁强化爆发；火主则适合业火奥义与睡眠普攻的组合，配合倒地追打实现无限控制。忍者特性训练强调属性克制，例如点燃训练需鸣人奥义触发灼烧，而防御训练依赖小李的体术格挡。
游戏还设计了悬赏任务和团队副本等协作型训练。悬赏任务要求追捕特定目标，组队可提升效率；团队副本如岛龟试炼需多人配合，分阶段击破BOSS弱点。日常任务中的连环任务和成就系统进一步延长训练深度，通过重复挑战积累资源。
持续参与各类训练能显著提升战力，但需注意平衡资源分配与时间投入。
