化石蛋是一种关键道具，通常出现在工厂区域或特定任务环节。玩家需要前往工厂大厅左侧，找到一个铁箱位置，将奇怪的红色块放入中间后，会显示一圈眼睛图案。这一步骤是获取化石蛋的前提条件，需结合神庙密室壁画上的线索进行操作。壁画会明确指示第3、5、7、8只眼睛的睁开状态，按此规律激活铁箱机关后即可获得化石蛋。
化石蛋的另一处获取地点与船只探索相关。在完成码头任务并登船后，玩家需进入船舱底部，使用从工厂获得的刀具剖开鲸鱼肚子，从中取得鱼骨和化石蛋。此过程需注意提前完成工厂区域的电线修复任务，否则无法触发后续剧情。鲸鱼肚内的化石蛋通常与时间石块、矛头等道具同时出现，需仔细检查背包以免遗漏。
部分化石蛋需要通过时间线切换机制获取。玩家需操作时光机器回到过去，在石室场景中将种子交给少年NPC种植。返回现在时间线后，种子会成长为大树，爬上大树可在树顶发现隐藏的化石蛋。此环节需确保已从工厂操作台获得种子，且需完成碾压化石蛋的任务链才能触发时间线交互。
化石蛋的最终用途集中在火箭发射任务线。玩家需将收集到的化石蛋放置在工厂操作台上，使用碾压机压碎后获得种子道具。该种子需交给过去时间线的少年，形成时间闭环。压碎后的化石蛋残片可与外星人NPC交换绿色药水，用于解锁神庙区域的隐藏剧情。每颗化石蛋的获取与使用均会影响游戏内成就系统的解锁进度。
需要二周目玩法中化石蛋的位置会发生变化。例如在船上的虎皮鱼处会出现新的红珠子替代原位置化石蛋，而工厂09房间内则可能生成蓝色方块等替代道具。建议玩家在一周目优先完成主要化石蛋收集，避免因剧情重置导致道具丢失。所有化石蛋相关操作均需严格遵循游戏内的时空逻辑，错误的时间线操作可能导致道具无法回收。
